No se ha podido determinar con certeza su nacimiento ya que fue abandonado con una nota que decía "Este niño ha sido bautizado con el nombre de Benito Juan Martín", y se dedujo que habría nacido 20 días antes, por lo que se fijó aquella fecha.

Otras versiones que afirman que esa nota nunca existió y que fueron las autoridades del orfanato quienes tomaron carta en el asunto. Lo cierto es que la madre biológica nunca se presento para reclamarlo, dejó en el bebé como recuerdo un pañuelo cortado en diagonal adornado con una flor bordada. Podría haberse quedado con la otra mitad para intentar encontrarlo en alguna oportunidad cosa que nunca sucedió.

Sus primeros siete años los vivió en un asilo de San Isidro entre los delantales grises y hábitos negros de las Hermanas de Caridad, careciendo de figuras paternas, y tuvo una infancia triste y solitaria donde prevaleció el encierro. Sin embargo, su carácter no se vió alterado por esto, ya que siempre fue alegre y compasivo.

A los seis años fue adoptado por Manuel Chinchella y Justina Molina, y él adoptó el apellido de su padrastro, que luego sería fonetizado como "suena" en el italiano, al castellano como Quinquela. "Mi vieja me conquistó en seguida –dice Quinquela en su autobiografía en 1963– y desde el primer momento encontró en mí un hijo y un aliado".

Su padrastro era un italiano de costumbres antiguas que nunca se hubiese imaginado que iba a terminar educando a un artista plástico. Era robusto, y había llegado a Argentina para mejorar su situación económica. En ese momento vivía en La Boca y trabajaba descargando carbón en el puerto.

Luego se casó con Juana, quien tenía sangre india y era oriunda de Gualeguaychú, Entre Ríos. Era analfabeta, pero eso no le impedía atender la carbonería, y antes había trabajado como doméstica, y en una fonda, donde hoy se encuentra el Museo Escuela Pedro de Mendoza, donado por su hijo.

Justina no podía quedar embarazada y el 16 de noviembre de 1897 fueron a la Casa Cuna en busca de un varón crecidito que pudiera colaborar en la carbonería. Benito en ese momento tenía entre seis y ocho años, no se sabe exactamente la edad. El trato de su madre fue tierno, sin escatimar en los abrazos, mientras que el trato del padre era un poco distante, de ruda ternura, pero cada tanto una caricia le tiznaba la cara al purrete. Mientras el padre trabajaba, la madre y el niño atendían la carbonería y hacían los quehaceres domésticos.

Ese mismo año comenzó su educación primaria, donde aprendió los conocimientos elementales: leer, escribir y nociones de matemáticas. Cursó hasta tercer grado, pero la situación económica no dio para más y debió trabajar con el padre. Según Manuel, los conocimientos adquiridos le permitían no ser estafado.

En 1904 la familia se muda a Magallanes 970, una zona donde era popular la militancia social y la política parecía ser el camino para construir un futuro mejor. Nacían los sindicatos, los gremios y los centros educativos. Benito comenzó a participar de la campaña de Alfredo Palacios, candidato a diputado socialista. Y aunque era menor de edad lo que aprendió en esos años de trabajo lo inclinaron hacia ese sector político. Colaboró repartiendo volantes y pegando carteles. Esa elección la ganó Palacios y Benito aprendió a luchar por lo que uno quiere.

Pero las cosas empeorarían en la parte económica, y su padre pensó que si podía trabajar en política también lo podría hacer en el puerto. Así comenzó a trabajar desde las siete hasta las diecinueve, y lo apodaron "el mosquito" por el contraste entre su físico y la velocidad del trabajo.

En ese marco había empezado a dibujar, inspirado en las escenas y colores que observó en el puerto. Usaba técnicas intuitivas dado que ignoraba los más elementales conocimientos, y sus dibujos eran rudimentarios y torpes, utilizando carbón y lienzos de madera como elementos de un trabajo que rápidamente eliminaba para evitar las bromas de sus compañeros.

A los 14 comenzó a ir a una escuela nocturna de pintura en la Sociedad Unión de La Boca, un centro cultural vecinal donde se reunían estudiantes y obreros para conversar. Su maestro fue Alfredo Lazzari, que le dio los primeros conocimientos técnicos sobre el arte. Como práctica le daba yesos donde reproducía dibujos en claroscuro y realizaron excursiones a la Isla Maciel para entrenarse con el dibujo de las escenas al natural. Continuó hasta los veintiún años con el curso, y a los 17 ingresó al Conservatorio Pezzini Stiatessi, donde estudió hasta 1920.

En esa academia conoció a Juan de Dios Filiberto y otros colegas con quienes se relacionaría durante toda su vida. Después del trabajo siempre intentaba ir a alguna biblioteca para cubrir la carencia de su educación formal.

Quedó impactado con un texto del escritor Augusto Rodin, quien dice que el arte debe ser sencillo y natural para el artista, la obra que requiere esfuerzo no es personal ni valedera, conviene más pintar el propio ambiente que "quemarse las pestañas persiguiendo motivos ajenos". De esas enseñanzas Quinquela extrajó: "Pinta tu aldea y pintaras el mundo", y nunca se apartó de este dicho. Su aldea sería el barrio de La Boca, sus vecinos y el puerto.

Asistió además a tertulias donde se conversaba de política, de cultura, de técnicas pictóricas y otros temas, se compartían lecturas y preocupaciones.

En 1909 montó un taller en los altos de la carbonería, donde recibió la visita de Montero, Stagnaro y la de Juan de Dios Filiberto, quien además le hizo de modelo vivo. Y más tarde, además de visitantes, se convirtieron en inquilinos del lugar.

Esta situación, los óleos sobre el lugar, el constante paso de gente y las discusiones hasta altas horas de la madrugada dejo sorprendidos a los Chinchella. Además Benito usaba huesos humanos para estudiar su anatomía y se difundió el rumor que en el taller habitaban los fantasmas de los "dueños" de los esqueletos. Y se exageraba tanto que un día un amigo llevo todos los restos óseos al cementerio.

Todo esto no contaba con la simpatía de Don Manuel, y un día a raíz de las fuertes discusiones y a pesar de que su madre lo apoyaba, Benito abandono el hogar familiar. Y aunque siguió trabajando en el puerto para mantenerse, le dedico más horas a la pintura, debiendo alimentarse de mate y galletas marineras. Monto sus talleres en distintos lugares, desde altillos hasta barcos.

En 1910 se presento en una muestra de todos los alumnos del taller de Lazzari en la Sociedad Ligur de Socorro Mutuo de La Boca, en la que participaron Santiago Stagnaro, Arturo Maresca, Vicente Vento y Leónidas Magnolo todos ellos principiantes y aficionados.

Benito deseaba crecer y sabía que debía mejorar su técnica para lograrlo. El maestro Pompeyo Boggio le enseño técnicas de dibujo natural y estudio con reconocidos artistas que se inspiraban en los problemas sociales del país, según afirma el crítico Jorge López Anaya. Con ellos formaron el denominado "Grupo de los Cinco", o "Artistas del Pueblo".

Pero ninguno de estos pintores era aceptado en el Salón Nacional, la principal galería que tenía la ciudad, y quedaban dando vueltas en galerías menores. Así crearon el Primer Salón de los Recusados, dedicado a los artistas no admitidos en el Salón Nacional. Lo armaron en la avenida Corrientes, en un local cedido por la Cooperativa Artística. Allí Benito expuso Quinta en la Isla Maciel y Rincón del Arroyo Maciel, y obtuvo críticas divididas: positivas de los diarios La Nación y Crítica, y negativas del diario La Prensa, el semanario Fray Mocho y de la revista Nosotros. Pero lo significante es que la prensa, mal o bien, se había empezado a fijar en sus trabajos.

Se anotó como profesor de dibujo en la Escuela Fray Justo Santa María de Oro, dependiente del Consejo General de Educación, en donde en horario vespertino los obreros adultos concurrían a completar sus estudios secundarios. Quinquela les enseñaba los secretos del dibujo ornamental con el fin de aplicar el arte a la industria. La idea concebida junto al maestro Santiago Stagnaro era acercar el arte a la clase obrera.

Exhibió sus obras en varias exposiciones en el país y en el extranjero, logró vender varias de sus creaciones y otras tantas las donó. Con el beneficio económico obtenido por estas ventas realizó varias obras solidarias en su barrio, entre ellas una escuela-museo conocida como Escuela Pedro de Mendoza.

No tuvo una educación formal en artes sino que fue autodidacta, lo que ocasionó que la crítica no fuera siempre positiva. Usó como principal instrumento de trabajo la espátula en lugar del tradicional pincel.